Kapsül endoskopi tüm bağırsak sisteminizin (ince bağırsak ve kalın bağırsak) görüntülememizi sağlayan bir yöntemdir. Kapsül endoskopi hastalarda anestezi uygulanmasını gerektirmeyen, muayenehane ortamında uygulanabilen, hastanın işinde veya evde çalışmasını engellemeyen, ağrısız bir şekilde ince ve kalın bağırsakların görüntülenmesi yöntemidir. Büyükçe bir vitamin hapı boyutlarında üzerinde kamera ve ışık kaynağı içeren kapsül şeklinde bir cihazdır. Kapsül bir bardak su ile yutularak bağırsak içerisindeki hareketi ile birlikte görüntüler alır. Kapsül ile alınan fotoğraflar hastanın beline takılan bir kemer içindeki kayıt cihazına aktarılır. Kayıt süresi sonunda kayıt cihazı çıkarılır ve cihazdaki görüntüler özel bir bilgisayar programı yardımıyla bir film haline dönüştürülerek bilgisayar monitöründe doktor tarafından incelenir. Sonuçlar rapor haline getirilerek hastaya verilir.
Kapsül endoskopi işlemi öncesi 12 saatlik bir açlık gerekmektedir. Görüntü kalitesini arttırmak için ishal yapıcı bir ilaçtan bir miktar içerek bağırsağın temizliğinin yapılması ve görüntü kalitesini arttırmak için bağırsak gazlarını azaltıcı ilaç kullanılması tercih edilmektedir.
Kapsül endoskopi işleminde bağırsaklarda yapışıklık veya darlık olan hastalarda kapsül bağırsakta takılı kalabilir. Bu durumda kapsülün endoskopik veya cerrahi yolla çıkartılması gerekebilir.